Enjuaga las almejas con agua fría y asegúrate de que no tengan arena ni suciedad. Reserva.
Pela la cebolla y la zanahoria y córtalas en rodajas finas.
En una olla mediana, agrega el vinagre, el agua, la cebolla, la zanahoria, las semillas de mostaza, las semillas de eneldo, los granos de pimienta negra, el azúcar y la sal. Mezcla bien y lleva a ebullición.
Agrega las almejas a la olla y mezcla bien. Tapa la olla y cocina a fuego medio-bajo durante unos 5-7 minutos, o hasta que las almejas se abran.
Una vez que las almejas estén cocidas, retira la olla del fuego y deja enfriar.
Transfiere las almejas y la mezcla de encurtido a un frasco de vidrio con tapa hermética. Asegúrate de que las almejas estén completamente cubiertas por la mezcla de encurtido.
Cierra el frasco y agítalo suavemente para asegurarte de que todas las almejas estén cubiertas con la mezcla de encurtido.
Refrigera el frasco durante al menos 4 horas antes de servir. El encurtido de almejas casero se conserva en la nevera por hasta 1 semana.