Lava los pepinos y córtalos en rodajas finas. Pela y corta la cebolla en aros delgados.
En una cacerola, mezcla el vinagre de manzana, el agua, el azúcar, la sal, las semillas de mostaza, las semillas de eneldo y la pimienta negra en grano. Lleva la mezcla a ebullición y deja hervir durante 2 minutos.
Retira la cacerola del fuego y deja enfriar la solución de vinagre durante unos minutos.
Coloca las rodajas de pepino y los aros de cebolla en un bol grande.
Vierte la solución de vinagre caliente sobre las verduras en el bol.
Remueve para asegurarte de que todas las verduras estén cubiertas por la solución de vinagre.
Llena los frascos esterilizados con la mezcla de cebolla y pepino, asegurándote de que queden bien comprimidos.
Tapa los frascos herméticamente y refrigéralos durante al menos 24 horas antes de consumir el encurtido.